Ciudad Academia, Japón, está a la vanguardia de la ciencia. Además de estar 30 años por delante del mundo tecnológicamente, más de las tres cuartas partes de la población de esta peculiar ciudad consiste en estudiantes que desarrollan sus habilidades psíquicas como espers en diversas instituciones.
Entre estos estudiantes se encuentra Touma Kamijou, un chico de secundaria con el rango psíquico más bajo de cero, pero con un poder misterioso que ningún científico puede entender: «Imagine Breaker», que le permite negar otras habilidades sobrenaturales.
Esto, sin embargo, no afecta la vida de Kamijou en lo más mínimo ya que desempeña su papel de adolescente normal; es decir, hasta que conoce al extraño Index Librorum Prohibitorum, una joven que ha memorizado la totalidad de los grimorios prohibidos, y ahora una organización peligrosa está persiguiendo a Index.
Con varios magos buscando dañar a la chica, Kamijou defenderá a su nuevo compañero a toda costa mientras descubre un extraño reino nuevo de lo sobrenatural.