La Misión de los 100 Años: una tarea tan desafiante y peligrosa que ha permanecido sin cumplirse durante más de un siglo. A pesar de que incontables magos han intentado llevar a cabo este objetivo agotador, sus resultados terminaron en una derrota abrumadora o peor. Sin embargo, Natsu Dragneel y sus amigos—Lucy Heartfilia, Gray Fullbuster, Erza Scarlet y Wendy Marvell, junto con los exceeds Happy y Charlés—se embarcan con ambición en la búsqueda.
Un año después de que el gremio Fairy Tail superara las fuerzas diabólicas de Acnologia y Zeref, Natsu y su equipo se adentran en el continente norte de Guiltina, donde buscan al empleador de la Misión de los 100 Años y reciben su misión casi imposible: sellar a los Cinco Dioses Dragón—un grupo de individuos con un poder tan vasto que, si se les deja solos, podrían causar una devastación global. Mientras tanto, una nueva y enérgica miembro llamada Touka es reclutada en Fairy Tail. Aunque su energía vibrante y su naturaleza apasionada la hacen perfecta para el gremio, parece que hay más de lo que parece a simple vista.
Decididos a cumplir su misión aparentemente insuperable, Natsu y sus amigos comienzan su peligrosa búsqueda de los Dioses Dragón. Sin embargo, una vez que se encuentran con un nuevo gremio oscuro llamado Diabolos, junto con la nueva recluta de Fairy Tail revelando sus verdaderos colores, Natsu y su equipo descubrirán que la Misión de los 100 Años no es el único desafío al que se enfrentan.