Para exorcizar a los Ayakashi, peligrosas criaturas malignas que habitan Japón, se forma una organización de exorcistas ninja. Dentro de esta organización, Matsuri Kazamaki intenta proteger a Suzu Kanade, su amiga de la infancia y poderosa vidente capaz de ver a los Ayakashi.
Sin embargo, durante una lucha por salvar la vida de la joven, Matsuri se transforma en una niña a raíz de una maldición lanzada por Shirogane, el rey de los Ayakashi. Este último, cuyos poderes quedaron sellados en un pergamino durante la batalla, espera que esta situación le permita ganar tiempo suficiente para recuperar fuerzas y poder devorar a Suzu.