En un futuro cercano, una repentina e inexplicable subida del nivel del mar dejó gran parte de la civilización humana bajo el agua. Ikaruga Natsuki, un joven que perdió a su madre y una de sus piernas en un accidente años atrás, regresa desilusionado de una vida dura en la gran ciudad y encuentra su antigua casa en el campo casi sumergida por el mar.
Sin familia, todo lo que tiene a su nombre es el barco y el submarino heredados de su abuela oceanógrafa y las deudas a su nombre. Su única esperanza de restaurar los sueños para el futuro que perdió es aprovechar una oportunidad que le ofrece la sospechosa cobradora de deudas Catherine. Juntos se embarcan en la búsqueda de las ruinas sumergidas del laboratorio de su abuela, con la esperanza de encontrar un tesoro que se dice está allí.
Pero lo que encuentran no son riquezas ni joyas, sino una extraña chica llamada Atri en un ataúd en el fondo del mar. Atri es un robot, pero su apariencia y riqueza de emociones engañarían a cualquiera.
