Reina Aharen, una estudiante pequeña y linda con una voz tranquila, es bastante mala para determinar la distancia y el espacio personal. A veces está a centímetros de tu cara y, en otras ocasiones, ¡a kilómetros de distancia! El único que trata de entender sus payasadas es Raidou Matsuboshi, quien está sentado a su lado en clase. Tiene un rostro amenazante, pero en realidad, es un chico amable con una imaginación que puede volverse loca a veces.
Aharen-san wa Hakarenai sigue a la peculiar pareja mientras su extraña amistad comienza a florecer cuando Raidou toma el borrador de Aharen para ella. Ella malinterpreta su gesto y ahora cree que son los mejores amigos, mostrando cómo las cosas más simples pueden convertirse en los desafíos más complicados para ellos.